对于饮用咖啡，不少人专门提出过非议，认为其可能对心血管和骨骼造成威胁。而近年来越来越多的研究认为，所谓的种种“威胁”多届误解。
　　
　　咖啡与心脏病无关
　　
　　美国学者曾对过去30年全世界发表过的有关咖啡和心脏病的关系的资料进行了分析，发现咖啡的消费水平与心脏病的脑卒中之间并无关系。以往关于妇女咖啡饮用量与冠心病呈正比的报告，实际上是和吸烟因素混淆了。因为调查中显示，一天喝1杯咖啡的妇女有23％吸烟，每天喝咖啡多于6杯者有56％吸烟。于是，人们便误以为喝咖啡越多心脏病发病率越高，其实这是吸烟的危害。
　　
　　咖啡升高血压是暂时的
　　
　　从来不饮用咖啡者在饮用2—4杯咖啡后，血压在一周内有明显升高，然而这是暂时的。研究者经过对7506名男性和2095名女性进行研究发现，初次饮用咖啡后引起的血压升高，一周后便会下降，而且此后每天钦用咖啡，平均血压值反倒比不饮咖啡的人群低。因此，咖啡能升高血压的结论，其实是被暂时升高的血压迷惑后作出的判断。
　　
　　咖啡与心律失常没有因果关系
　　
　　美国研究心律失常的专家，最近驳斥了饮用2杯以上咖啡便可能使敏感者出观心律失常的观点。以最常见的室性早搏为例，他们对7311名35—37岁的男性进行了研究，发现每天喝7—8杯，甚至超过9杯咖啡，与发生早搏都不相干。专家分析，心律失常发生的频率与年龄呈正比，而年龄增加常常与喝咖啡的量也呈正比，因此所谓“喝咖啡越多，心律失常越多”的结论，其实是年龄越大心律失常越多之误。
　　
　　咖啡不会影响骨钙水平
　　
　　一些人发现，绝经期妇女饮用咖啡后，钙质会随尿液丢失，因而推断骨钙流失也与咖啡有关。美国研究骨质疏松的专家，在对饮用咖啡的138名绝经期妇女进行全身骨密度测量后认为，两者根本无关。专家们解释说，从表面现象看，虽然喝1杯咖啡后便有稍多的钙从尿液中排出，但是全天的钙摄入量足以补充由这1怀咖啡所造成的微不足道的钙流失。所以，喝咖啡不会对骨骼强度构成威胁。
　　
　　咖啡是良药　适量能治病
　　
　　近年来还有不少关于咖啡能治疗疾病的报告：常喝咖啡的成年人哮喘的发病率比不饮咖啡者低30％；对花粉过敏者，每天饮用2—3杯(每怀200—250毫升)共含有400毫克咖啡因的咖啡，症状就能明显减轻；咖啡能给人以性快感；咖啡的健脑作用能使饮用者反应灵敏，在因事故死亡者中，饮咖啡者比不饮咖啡者少40％；咖啡能缓解精神抑郁症状，饮咖啡自杀的人数比不饮咖啡的人少70％。